در اکتبر 2012 هکری به نام Aiden Pearce و مربی و همکارش Damien Brenks، دزدی الکترونیکی از هتل Merlaut در شیکاگو را آغاز می‌کنند. Aiden پول‌ها را با موبایلش انتقال می‌دهد. در روند این کار، Damien به فایلی عجیب و متعلق به هکر دیگری بر خورد کرده و سعی می‌کند آن را شناسایی کند و هر دو را کنار بزند. Aiden سعی می‌کند که Damien را از این کار منصرف کند ولی موفق نمی‌شود با توجه به این موضوع کار را رها می‌کند. Aiden که می‌ترسد خانواده‌اش ( خواهرش Nicole و خواهرزاده‌هایش Lena و Jackson) در خطر باشند تصمیم می‌گیرد مخفیانه آنها به مکانی دیگر ببرد. در میانه راه، دو آدم کش مامور می‌شوند که ماشین آنها را متوقف کنند و Aiden را بگیرند. یکی از آدم کش‌ها به نام Maurice Vega با شلیکش، موجب می‌شود ماشین چپ کرده و Lena به کما برود. Lena دو ماه پس از این ماجرا می‌میرد.
Aiden که دیگر به اسم The Fox یا The Vigilante از او یاد می‌شود، رد Maurice را در استادیوم بیسبالی در میدان Parker می‌زند. پس از اینکه Aiden متوجه می‌شود که نمی‌تواند در مورد رئیس Maurice از او اعتراف بگیرد او را به دست رفیق خلافکارش Jordi Chin می‌سپارد. Aiden بعد از این ماجرا، ctOS (سیستم امنیتی شهر) را هک کرده و فرار می‌کند. Damien که به خاطر دزدی از Merlaut با Aiden قطع رابطه کرده دوباره نزد Aiden می‌رود و از او تقاضا می‌کند که هکر دیگری را که در آن جریان دست داشت، شناسایی کند. Aiden تقاضای او را نمی‌پذیرد و Damien هم به همین دلیل Nicole را می‌دزدد تا به وسیله او، Aiden را مجبور به همکاری با خود کند. Aiden تصمیم می‌گیرد با سپردن Jackson به دست روانپزشکش، مانع از دزدیده شدن او شود.
Aiden با کمک Clara Lille (عضوی از گروه هک DedSec) رد هکر را می‌زند. این هکر شخصی است به نام Delford Iraq Wade که هم اکنون رهبر گنگستر‌های اصلی شهر است. Aiden کلید الکترونیکی سرورIraq را به دست می‌آورد و نمونه‌ای از داده‌های او را به دست می‌آورد. او و Clara متوجه می‌شوند که Iraq رازهایی در مورد همه شهروندان شیکاگو دارد و از گروهش در مقابل مسئولین محافظت می‌کند. آنها با رسیدن به داده‌های رمزگذاری شده‌ای بالاتر از توانایی های Clara به بن بست می‌خورند. Clara کلید حل مشکل را در دستان Raymond “T-Bone” Kenney می‌بیند و Aiden را به سمت او هدایت می‌کند. Raymond “T-Bone” Kenney کسی بود که هک‌هایش موجب قطع برق کامل شهر در سال 2003 و راه اندازی ctOS شد. Aiden برای اینکه نظر Raymond را جلب کند چندین کار برای او انجام می‌دهد و در نهایت Raymond قول می‌دهد که رمز داده‌ها را بشکند.
Aiden به تشکیلات Iraq حمله می‌کند و آن را به سرور خودش تبدیل می‌کند. بعد از اینکه او داده های این سرور را دانلود می‌کند با Iraq درگیر می‌شود و او را می‌کشد. هکر دیگری به نام JB “Defalt” Markowicz در زمان مرور اطلاعات سرور، به سیستم آنها نفوذ می‌کند و قبل از اینکه اطلاعات این سرورها پاک شود، آنها را می‌دزدد. Defalt همچنین اطلاعاتی از خود به جا می‌گذارد که نشان می‌دهد Clara یازده ماه پیش به شناسایی Aiden و Damien کمک کرده است که این امر در نهایت به مرگ دختر خواهرش ختم شد. Aiden از این موضوع ناراحت می‌شود و خواستار جدایی Clara می‌شود. در ادامه Aiden با Damien به دلیل از دست رفتن اطلاعات درگیر می‌شود و Damien اطلاعات و هویت Aiden را لو می‌دهد.
سرانجام ، Aiden و T-Bone ، Defalt را شناسایی می‌کنند و اطلاعات را از او پس می‌گیرند. در همین حین Aiden مکان دزدیده شدن Nicole را پیدا می‌کند و او را آزاد می‌کند و سپس او را به همراه Jackson به خارج از شیکاگو می‌برد. T-Bone با بررسی داده‌ها متوجه می‌شود، کسی که دستور قتل خواهرزاده Aiden را داده ، رهبر Chicago South Club و صاحب Merlaut Hotel یعنی Dermot “Lucky” Quinn است.
Aiden رد Quinn را می‌زند و دستگاه کنترل کننده ضربان قلبش را از کار می‌اندازد. Quinn در لحظات پایانی عمرش دلیل دستورش را این گونه توضیح می‌دهد: من فکر می‌کردم که Aiden به دنبال ویدیوی باج خواهی Mayor Donovan Rushmore ( که Quinn با او همدست است) می‌گردد. این شخص تصادفی منشی‌اش را به دلیل اینکه می‌خواست از ارتباطش با Quinn پرده بردارد می‌کشد. بعد از مردن Quinn، Aiden به دنبال Clara می‌گردد، ولی Clara توسط دار و دسته Quinn که برایش کمین کرده بودند، کشته می‌شود. Aiden بعد از این ماجرا به دنبال Damien می‌گردد که متوجه می‌شود Damien کنترل ctOS را به دست گرفته است و این عمل به او قابلیت دسترسی به تمام شهر را می‌دهد. Aiden با آپلود کردن ویروسی در ctOS، سیستم آن را از کار می‌اندازد و باعث خاموشی کل شهر می‌شود. Aiden سپس Damien را که در فانوس دریایی مخفی شده ، پیدا می‌کند. در این لحظه Jordi سر می‌رسد و معلوم می‌شود که او نیز دیگر وفادار نیست، اما با این وجود، Aiden، Jordi را را زخمی‌می‌کند و Damien را می‌کشد. بعد از اینکه شیکاگو دوباره به حالت سابق برگردد، Aiden نقشش را به عنوان Vigilante می‌پذیرد که باید از شهر محافظت کند و اگر لازم شد مزاحمان را تنبیه کند. بعد از پایان نوشته های پایان بازی، Jordi مکان Maurice را به Aiden می‌گوید. Aiden نیز به همان جا می‌رود. بعد از این ماجرا، ویدیویی از جنایات Rushmore را در اینترنت آپلود می‌کند که منجر به خودکشی Rushmore می‌شود. DedSec ویدیویی منتشر می‌کند که در آن می‌گوید از مخفی شدن خسته شده است و با Blume Corporation و ctOS اعلان جنگ می‌کند. Blume Corporation اعلام می‌کند که ctOS در سایر شهرهای کشور پیشرفت خواهد کرد و به ctOS 2.0 تبدیل خواهد شد.